肌肉（肌细胞）是长型的细胞，其长度从数毫米到十厘米不等，宽度则在10至100微米之间[2]。肌肉细胞相互结合，形成组织，肌肉组织是条纹肌或平滑肌则依称为肌丝（英语：myofilament）的肌原纤维收缩蛋白，是否有规则、周期性的出现在肌肉组织中而定。条纹肌可以再细分为骨骼肌以及心肌[3]。骨骼肌会受意识控制，而平滑肌不会。因此 肌肉组织可以分为以下的三种：
骨骼肌在结构上有条纹，会受意识控制，透过腱（有些部位会透过腱膜|）连结到骨骼，配合骨骼系统让动物可以运动并且维持其姿势（虽然姿势控制一般而言是无意识的，参照本体感觉，不过相关肌肉也可以受意识控制）。成人男性的骨骼肌平均约占体重的42%，成人女性的骨骼肌平均约占体重的36%[4]。
平滑肌，本身没有条纹，也不受意识控制，会出现在器官或是生理结构（例如食道、胃、小肠及大肠、支气管、尿道、膀胱、血管）的器壁上，也在皮肤中控制毛发竖立的起毛肌（英语：erectores pilorum）中。
脊椎动物有以下这种肌肉：
心肌，只存在在心脏中，是类似骨骼肌一样有条纹的肌肉，但不受意识控制。
心肌及骨骼肌有条纹的原因是其中包括肌小节，而且肌肉结合成高度规则的束状结构。平滑肌则不然。骨骼肌会呈规则的、平行的肌肉束，心肌会以分支、不规则的角度相连接（称为肌间盘（英语：intercalated disc）intercalated disc）。条纹肌会以时间较短、强度较高的方式进行收缩及放松，而平滑肌可以维持时间较长，甚至近乎于永久性的收缩。
三种组织比较
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平滑肌
心肌
骨骼肌
解剖学
神经肌肉接点
无
无
有
肌纤维
梭形，短（<0.4 mm）
分支
柱形，长（<15 cm）
线粒体
少
多
有多有少，依种类而定
细胞核
1
1
>1
肌小节
无
有，最长2.6 µm
有，最长3.7 µm
合胞体
无（独立细胞）
无（但有类似的功能）
有
内质网
较短
中等
较长
ATPase
少
中等
丰富
生理学
自调节
自发性调节（慢）
有（快速）
无（依神经刺激而反应）
对刺激的反应
不反应
全有全无律
全有全无律
动作电位
是
是
是
对刺激的反应
骨骼肌
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主条目：骨骼肌
显微镜下的条纹骨骼肌。其中垂直的条纹是肌纤维，横向的条纹（有深浅相间的条纹）是因为细胞中纤维的组成及密度不同，造成视觉上的差异。肌纤维后类似雪茄的深色花斑是肌肉细胞的细胞核
骨骼肌可以再细分为以下的几类：
I型肌纤维，也称为红肌肉纤维、氧化型慢肌（slow oxidative muscle）或是慢缩肌（slow twitch muscle），其中有许多的线粒体及肌红蛋白，因此其肌肉组织会是红色。这种肌肉可以储存较多的氧气，也可维持有氧运动。
根据目前的研究，I型肌纤维有时也可以再细分为I型及Ic型肌纤维[5]
II型肌细胞，也称为快缩肌（fast twitch muscle），主要可分为三种，以收缩速度由小到大排列如下：[6]：
IIa型，类似慢缩肌，进行有氧运动，富含线粒体和微血管，在去氧时会出现红色。
IIx型有时也称为IId型，线粒体和其类似慢缩肌，进行有氧运动，富含线粒体和肌红蛋白较少。这是人类反应最快的肌肉组织。这种肌肉收缩的更快，出力也比氧化肌要大，但只能维持短暂的时间，肌肉会进行无氧代谢，以提供突然性的能量，但之后肌肉会疼痛（疼痛常错误的认为是乳酸堆积）。有些教科书及论文会误将这类肌肉称为IIB型[7]。
IIb型肌肉是利用糖酵解的无氧代谢来提供能量，其肌肉呈白色，其线粒体及肌红蛋白更少。在啮齿动物之类的小动物中，IIb型肌肉是其主要的快速肌肉类型，因此其身体颜色为浅色。
平滑肌
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主条目：平滑肌
平滑肌是不受意识控制的肌肉，没有条纹平滑肌可以分为两类：单组织平滑肌（英语：single-unit smooth muscle）及多组织平滑肌。单组织平滑肌中，整束肌肉成为合胞体（多核细胞质团，但不细分为细胞）多组织平滑肌就会细分为细胞，因此可以有精细的控制以及渐进的反应，就像骨骼肌中的运动单元反应一样。
平滑肌会在淋巴管、膀胱、子宫（称为子宫平滑肌）、男性及女性的生殖道、消化道、呼吸道、皮肤的立毛肌、眼部的睫状肌以及虹膜。不同器官中的平滑肌细胞结构及机能基本上是相近的，不过因为配合各器官的不同反应时间进行对应动作，其诱导刺激显著的不同。另外，肾脏的肾小球也有类似平滑肌的肾小球系膜细胞（英语：mesangial cell）。
心肌
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主条目：心肌
心肌（Cardiac muscle）是心脏部位不受意识控制的条纹肌组织（英语：striated muscle tissue），出现在心脏壁，也是心脏的基础组织。组成心脏肌肉的细胞称为心肌细胞，多半只有一个细胞核，不过也有二个或四个细胞核的情形[8][9]。心肌（myocardium）是心脏中的肌肉组织，是在外围的心外膜层及内圈的心内膜层之间，较厚的一层组织。
心肌细胞会有协调性的收缩，将心房及心室的血液打到往全身以及肺部的血管中，成为血液循环的一部份。这些精细的机制让心脏可以定时的收缩（英语：Systole (medicine)）。
心肌细胞和身体其他细胞不同，需要有效的血液及电子来源来提供氧气及养份，并且移除像二氧化碳之类的代谢后产物。冠状血管就是负责这类机能的血管。