早期经历
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出生在日本鹿儿岛县樱岛町（今鹿儿岛市），受到哥哥拓哉以及后来也成为球员的彰弘影响，常常在家里院子踢足球，也会看著电视模仿全国高等学校足球选手权大会以及世界杯足球赛里选手的踢球动作[1]。高中就读鹿儿岛实业高等学校，得到全国高等学校足球选手权大会及高圆宫杯冠军，也因此入选日本U16足球代表队和日本U18足球代表队。
横滨飞翼
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1998年，远藤保仁高中毕业后进入了横滨飞翼，在1998年赛季日职联赛揭幕战中，远藤保仁首发出场。在联赛第15轮横滨飞翼对阵鹿岛鹿角的比赛中，远藤打入了个人职业生涯的首个进球。
1998年赛季结束后，横滨飞翼宣告破产解散，远藤保仁选择离开球队。
京都不死鸟
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1999年1月，远藤保仁加盟京都不死鸟，与三浦知良、朴智星、松井大辅为同期队友。
2000年赛季结束后，京都不死鸟遭遇降级，远藤保仁再度选择离开球队。
大阪飞脚
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2001年1月，远藤保仁加盟大阪飞脚。2002年，西野朗执教大阪飞脚，远藤保仁开始成为球队主力球员。2003年，远藤保仁首次入选日本职业足球联赛年度最佳阵容。
2005年12月3日，日职联赛最后一轮大阪飞脚客场挑战川崎前锋，远藤保仁在比赛第79分钟打入一粒进球，帮助球队最终以4-2的比分战胜对手夺冠。
2006年10月，远藤保仁被确诊病毒性感染病毒性肝炎并休战[2]，于2006年12月2日的联赛中复出。
2007年11月3日，大阪飞脚在日本联赛杯决赛中击败川崎前锋首次获得联赛杯冠军，远藤保仁在比赛中首发出场。
2008年6月底远藤再度被确诊感染病毒性肝炎[3]。10月至11月，在亚冠联赛半决赛和决赛的四场比赛中，远藤保仁四次出场打进三球，帮助大阪飞脚成功捧杯。赛后远藤保仁当选亚足联冠军联赛年度最佳球员并获得亚洲足球先生提名。12月18日，在世俱杯半决赛的比赛中，大阪飞脚与来自英超联赛曼联相遇，远藤保仁在比赛的第85分钟取得了个人在世俱杯比赛上的首粒进球。同一年远藤保仁获选日本年度最佳球员。
2009年11月，远藤保仁被亚足联评为亚洲足球先生，成为继三浦知良、井原正巳、中田英寿、小野伸二之后第5名获得该荣誉的日本球员。
2010年1月1日，天皇杯决赛大阪飞脚对阵名古屋鲸鱼，远藤保仁在比赛中梅开二度，打入两粒进球和完成一次助攻，帮助球队卫冕天皇杯冠军[4]。
2012年6月23日，日职联赛第15轮大阪飞脚对阵札幌冈萨多，远藤保仁第35分钟打入了个人在联赛中的第17个直接任意球进球，刷新了由三浦淳宏保持联赛直接任意球进球数记录。7月21日，东日本大震灾复兴赈灾比赛在鹿嶋体育场举行，远藤保仁以320709票的最高得票数入选日职联赛选拔队。12月1日，大阪飞脚在日职联赛最后一轮不敌磐田喜悦，位列联赛积分榜第17位，遭遇球队队史上首次降级。
2013年，远藤保仁选择留队参加日乙联赛，并被任命为球队队长。2013年赛季，远藤保仁代表大阪飞脚出战日乙联赛33场并帮助大阪飞脚夺得联赛冠军和重返日职联赛的升级资格。赛季结束后远藤保仁获选日乙联赛年度最佳球员。2013年5月，远藤保仁入选日职联赛编年史最佳阵容。
2014年11月8日，日本联赛杯决赛大阪飞脚对阵广岛三箭，远藤保仁在第38分钟助攻队友帕特里克取得进球，最终大阪飞脚以3-2的比分逆转对手夺冠。2014赛季，远藤保仁代表大阪飞脚出战联赛全部34场比赛、日本联赛杯及天皇杯赛11场比赛，帮助球队夺得包括联赛、日本联赛杯、天皇杯冠军的三冠王荣誉。赛季结束后远藤保仁当选日职联赛年度最佳球员及日本年度最佳球员。
2015年10月17日，远藤保仁在日职联赛第二阶段第14轮对阵浦和红钻的比赛中首发出场，完成了个人在联赛的500场联赛出场。12月21日，远藤保仁入选联赛年度最佳阵容，这是远藤自2003年加盟球队以来第12次入选联赛最佳阵容。
2016年10月29日，远藤保仁在日职联赛第二阶段第16轮对阵新潟天鹅的比赛中取得了个人在联赛的100个进球。
2017年4月30日，在日职联赛第二阶段第9轮大阪飞脚客场挑战横滨水手的比赛中，远藤保仁进入替补名单且没有获得登场机会，这是远藤保仁自1998年4月以来首次在联赛比赛中未能出场。
远藤保仁在本赛季超越老门将楢崎正刚，成为日职联赛历史出场王，他本赛季一共出战过11场日职的比赛，已经将数据刷新至641场。
但是，远藤本赛季虽然出战了11场，可其中只有4场是首发。而7月22日对阵广岛三箭的比赛，是他本赛季最后一次首发出战，此后他只有6次替补登场。
磐田喜悦
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大阪飞脚正式官宣远藤保仁租借加盟磐田喜悦，租借期限到2021年1月31日，租借合同存有回避条款。[5][6]
时隔2526天，远藤保仁重返日乙首发位置，代表磐田喜悦客战松本山雅。
磐田喜悦今日3-1战胜了群马草津温泉，老将远藤保仁攻入任意球帮助球队成功逆转。